回望农民专业合作社的发展轨迹和时代背景，对农民专业合作社的运营进行深层次解剖，实质上有这样一些问题是需要站在今天这个新的面临农业经营体制深层次改革的历史节点上进行再思考的：

1、现行法规体制下的农民专业合作社是一个松散的合作体，不是联合体，与农民社员的关系基本是服务型合作关系，合作社所有业务关系都是合作。不是紧密型联结关系。

2、在现行体制下，农民专业合作社只能从合作上引导农民，如推荐种子、指导田间管理，部份进行统一种、管、收等，仅此而己。却不能从体制上带领农民。更不能就涉及农户根本利益的相关重大问题进行统一协调和行动。

3、多数农民专业合作社的组织管理者个人素质不高，缺乏信息利用、科技成果认知、综合管理等方面的专业技能，尤其是那些正处于发展初期的合作社，最缺乏的是有科技意识和经营能力的带头人，这也很大程度上制约了合作社的创新与发展。

4、大多数合作社规模仍偏小、竞争力偏弱，很多合作社没有建立起农业生产效果与收益挂钩的激励机制，或没有建立起合理的利益分配机制，一些合作社还存在经营决策不民主、不科学等问题。

5、更多的合作社实质上有名无实。

6、关于连片土地的综合整治规划；关于从整地开始到种、管、收全过程的综合组织和指挥部署；关于大面积病虫害综合防治；关于在不同时间节点和特殊自然天气条件下为保丰产和丰收应抢抓农时采取紧急措施；通过统一协调联合减灾等等，所有这些农民专业合作社都还做不了，也没法做，因为农民专业合作社和农民及土地的三者关系不是一体化经营关系，没有长效的组织机制和利益机制。

7、关于土地长效经营及统一规划协调下的诸如规模化平整土地、挖掘水渠、兴修机耕道、建设大晒场等重要农业基础设施建设事项，农民根本不做，合作社限于自身条件限制也很难做。这样的结果是：通过规划、管理和基础设施投入等可以进一步提高土地综合产出效益的重大举措在现行体制下缺乏建设主体，而这恰恰是改变粗放经营、深挖农业增长潜力的重要举措。

8、更大范围的、专业化程度更高的、统一协调规划的高水准农业种植经营以及打造区域特色的高水平农业产业模式，除了政府的规划和引导外，要由一体化经营的农业实体的系统化组织实施才有望实现。现有合作社机制根本也实现不了……

通过对以上问题的再思考，答案己经非常清晰了：

没有土地与其它重要生产力要素联结的长效利益机制；

没有专业化、组织化、系统化的统一协调管理；

没有高素质和可靠执行力的农业经理人团队；

没有必要的农田整治、水力设施、田间道路、晒场建设等基础设施投入；

没有大面积应用最前沿的高效生态良法良种农业科技成果；

没有现代化的农业机械装备和技术实施手段；

没有标准化的田间种植管理执行体系；

没有高水平的以创造顾客价值为导向的品牌文化营销；

没有全产业链增值共赢的商业模式；

没有“从产品经营向产业经营和资本经营跨越”的新农业经营理念；

——就不可能成就高水平、可持续的生态农业和现代农业。

结语：新农业时代，呼唤推动中国农业历史性进步的新农业主体力量